“宝通禅寺”初名为“东山寺”，因“洪山”原名“东山”而得名。

唐代宝历二年(826年)，洪州(今江西南昌市)开元寺善庆和尚云游到随州大洪山修建了“灵峰寺”。九年后，善庆和尚圆寂前，毅然割了自己的双足留在寺内，表示升天之后也要为乡人利益奔走，这双“佛足”成为灵峰寺历代相传的镇寺之宝。皇帝为此赐给善庆“慈忍大师”的法号，还御书了“幽济禅院”的匾额送给灵峰寺。 
   

北宋末年，金兵南进，当时随州一带成了战场。荆湖官吏撤离随州时，把大洪山的灵峰寺迁到武昌东十里的东山。将东山弥陀寺加以扩建，改名为“崇宁万寿禅寺”，并改东山为洪山，以纪念随州大洪山，至此声名俱增，香火日盛。

元世祖忽必烈南征时驻军武昌时，对善庆和尚舍身割足的精神十分佩服，命人取“佛足”随国征战，鼓舞士气。他登基后派钦差大臣专程将“佛足”护送回都，用以笼络人心。元末至正十六年(1356年)，在元军与徐寿辉领导的农民起义部队的战斗中，万寿禅寺毁于战火。公元1332年由住持筹资再建、大兴土木，夷山填壑，历经二年，复兴该寺。后经明太祖朱元璋之子楚昭王朱桢建藩时重建，后楚靖王朱均大修大雄宝殿，顿显气度不凡。

明成化二十一年（公元1485年）该寺更名为“宝通禅寺”，因宝通寺的禅家家风与镇江金山寺相似，故有“小金山”之称。明朝末，宝通寺又遭毁坏。

清康熙十五年至三十年(1676—1691年)，清政府多次拨银两对宝通寺进行重修和增建，规模宏大，时人称其为武昌诸佛刹之首。据寺志载，寺前有碧琉蚊龙，佛殿大柱上金龙蟠绕，生动逼真。《广阳杂志》称整个庙宇，金碧辉煌，为天下少有。至咸丰末年，在太平天国农民战争中毁于战火，现存建筑大多是清同治四年到光绪五年间(1865—1879年)保存下来的建筑。  

宝通禅寺历经了数次的战火摧毁，继而复建，如今成为武汉四大丛林之一，而“宝通禅寺”的命

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